El Partido Nacionalista Vasco se convirtió en estos años de democracia en la primera fuerza política de Euskadi, esgrimiendo como principal baza política la recuperación del autogobierno perdido. Como reivindicación fundamental reclamó al Estado un Estatuto de Autonomía, como primer paso hacia cotas de soberanía más amplias.

Nos encontramos ya ante un movimiento plenamente de masas, con una gran capacidad de movilización y con un nivel organizativo y propagandístico desarrollado. Llegaba a la mayor parte de población de Euskadi a través de sus actos multitudinarios; sus cinco diarios, y más de una docena de revistas políticas y culturales; su sindicato o los grupos como "Emakume Abertzale Batza", creado en 1921 y dirigido específicamente a la mujer o a través de asociaciones de juventud, deporte o cultura. En la mayor parte de los pueblos del País Vasco existía ya una organización municipal del Partido Nacionalista Vasco (las denominadas Juntas Municipales), y el PNV llegaba tanto a las ciudades como a los núcleos rurales.

Una mención especial merece el grupo "Emakume Abertzale Batza" que nació, como ya hemos dicho, en 1921 y que sirvió para canalizar la cada vez mayor presencia femenina en el nacionalismo. Su mayor desarrolló coincidió con la II República en la década de los años 30. Desempeñaban, al principio, funciones de apoyo, beneficencia o educación. Poco a poco también empezaron a encargarse de labores de propaganda y se integraron más activamente en la vida política y organizativa del PNV. Muchas tuvieron que huir al exilio. Otras permanecieron en Euskadi, desarrollando en la clandestinidad actividades de resistencia contra el franquismo.

El 18 de julio de 1936 Franco encabezaba la sublevación que daría lugar a un sangriento conflicto armado. El Partido Nacionalista Vasco proclamaba su adhesión al régimen republicano establecido en las urnas. "Ante los acontecimientos que se desarrollan en el Estado español -declaraba el EAJ/PNV-, y que tan directa y dolorosa repercusión pudiera alcanzar sobre Euskadi y sus destinos, el PNV declara, salvando todo aquello a que le obliga su ideología, que hoy ratifica solemnemente, que planteada la lucha entre la ciudadanía y el fascismo, entre la República y la Monarquía, sus principios le llevan indeclinablemente a caer del bando de la ciudadanía y de la República, en consonancia con el régimen democrático y republicano que fue privilegio de nuestro pueblo en su siglos de libertad".

En plena Guerra, las Cortes del Estado aprobaban el primer Estatuto de Autonomía Vasco y el dirigente nacionalista José Antonio Aguirre era elegido Lendakari -Presidente del Gobierno vasco- en un ejecutivo del que formaban parte otros partidos democráticos republicanos, aunque el sustento fundamental procedía del PNV. Frente al desorden político, administrativo y social que padeció una parte importante de las zonas republicanas, con persecuciones y matanzas indiscriminadas, el Gobierno vasco, tras salvaguardar la libertad religiosa, supo garantizar el orden en todos aquellos territorios que controlaba.

Los vascos muy poco pudieron hacer para frenar el avance de las tropas sublevadas. El superior ejército golpista, apoyado por los hombres y por la tecnología militar nazi, no tardó en conquistar el País Vasco. En abril de 1937 la población civil de Gernika sufrió la barbarie de la Guerra. Aviones nazis bombardeaban la villa emblemática del Pueblo Vasco. Gernika se convertía en símbolo de la tragedia vasca. La "cruzada cristiana" de Franco reprimió con dureza a los vascos, y no dudó en fusilar a 17 sacerdotes, entre ellos a "Aitzol", nacionalista, sindicalista y precursor de la doctrina social cristiana.

En junio de 1937 caía Bilbao, el último reducto del Gobierni de Aguirre, en poder de los franquistas. El nacionalismo, junto con todas las fuerzas políticas democráticas, iniciaba un largo exilio de cuarenta años. El grupo principal del Partido establecía su base en Francia. José Antonio Aguirre se convertía en el líder carismático, no sólo del Partido Nacionalista Vasco, sino de todos lo exiliados vascos y en uno de los baluartes de la lucha contra el régimen dictatorial.

Se abría un nuevo y desconocido período para el PNV. Había vivido con anterioridad la clandestinidad y la persecución. Pero ahora, la mayor parte del entramado organizativo nacionalista, tenía que establecerse fuera de Euskadi. Otros muchos dirigentes y militantes de base serían hechos prisioneros y fusilados o encerrados en las cárceles franquistas.

Pero la dinámica que durante años había impulsado a los nacionalistas vascos tampoco cesará ahora. Desde el exterior y desde el propio estado español, aun en las condiciones más adversas, volverán a reconstruir la estructura del partido.

En las propias cárceles franquistas un grupo de dirigentes nacionalistas, encabezados por Juan Ajuriaguerra, empezaban a preparar una incipiente red clandestina del PNV en la Península, uno de los pilares de lo que más tarde serían los Servicios Secretos Vascos y "La Resistencia".