En 1939 estallaba la Segunda Guerra Mundial. El ejército alemán invadía Bélgica en el mismo momento en el que José Antonio Aguirre visitaba a su familia en este país. El nacionalismo vasco y el Gobierno en el exilio se quedaban sin su figura más emblemática. El Lendakari debía esconderse de las tropas nazis que le buscaban por toda la Europa ocupada para entregarle a sus aliados franquistas. Incomprensiblemente los miembros destacados del PNV, junto con los servicios de prensa, propaganda e información, eran encerrados por los franceses en el campo de concentración de Gurs y liberados, únicamente, cuando las tropas nazis estaban a las puertas de Burdeos.

Con la invasión alemana de Francia gran parte de los dirigentes nacionalistas huyeron a Inglaterra, unos pocos, escondidos, permanecen en territorio galo.

En Gran Bretaña, Manuel Irujo, ante la ausencia del Lendakari, y con el apoyo del EBB (la ejecutiva del Partido Nacionalista Vasco) creaba el Consejo Nacional Vasco. Un organismo que durante la ausencia del Lendakari iba a asumir las funciones de dirección del Gobierno vasco en el exilio. Manuel Irujo asume el control de los Servicios de Información pero une su cesión a los ingleses a un reconocimiento, en el caso hipotético de que Franco entrara en Guerra, de los derechos del Pueblo Vasco.

Al mismo tiempo, los nazis tentaban a los dirigentes nacionalistas que permanecían en Francia o encerrados en las cárceles franquistas. Les proponían la colaboración con el nazismo a cambio del restablecimiento del Estatuto de Autonomía vasco bajo el régimen de Franco, en un momento en el que se daba como seguro el triunfo de las potencias del Eje."Si hicieramos eso y colaboráramos con quienes destruyeron Gernika -respondieron los dirigentes nacionalistas vascos encarcelados-, mereceríamos ser arrastrados por las calles de Euskadi" El ofrecimiento se desestimó. Juan Ajuriaguerra, encarcelado por Franco, recibió la visita de una delegación Nazi con la propuesta. Ajuriaguerra rechazó la colaboración. . Fue uno de los pocos nacionalismos étnicos de Europa que rechazó sin ambigüedad alguna las corrientes dominantes fascistas.

José Antonio Aguirre consiguió huir de Europa en plena II Guerra Mundial, en una rocambolesca aventura, que el mismo recogió en el libro "De Gernika a Nueva York, pasando por Berlín". Perseguido por los nazis recorrerá varios países europeos, entre ellos alemania, hasta conseguir salir del continente. Se establece en Nueva York, en la Delegación que el Gobierno vasco había abierto años atrás y ordenaba a todas las delegaciones vascas que se pusieran al servicio de los aliados para colaborar en la lucha contra el totalitarismo nazi. Antes de que finalizara la Guerra Civil los vascos habían organizado un red de información que, poco a poco, fue creciendo abarcando una parte importante del mundo. A través de los vascos instalados en muchos países o de los marinos se fue tejiendo la cada vez más tupida red de unos servicios de información que ahora se ponían a disposición de los aliados, al servicio de la democracia y la libertad. Estaban en el convencimiento de que, una vez restaurada ésta, todos aquellos que habían colaborado y alentado el nazismo serían sustituidos por regímenes democráticos. Entre ellos el régimen dictatorial español del General Franco.

Formaron, además, una unidad de combate, que bajo el emblemático nombre de "Brigada Vasca-Batallón Gernika" participó en operaciones militares en la Guerra, entre ellas la liberación de la Pointe-de-Grave, en la zona francesa del Médoc-Burdeos. También vascos habían participado en el "Desembarco de Normandia" y antes habían impulsado, en 1941 en Inglaterra, la formación del "Batallón de Fusileros Marinos".

Aguirre estaba seguro que todo este esfuerzo merecía la pena.

Pero la derrota del Eje en 1945 no traía consigo, tal y como pensaban los exiliados vascos, la inmediata sustitución del régimen de Franco por otro democrático en el que pudieran plantear y conseguir el derecho a la libre determinación que históricamente habían reclamado. Aguirre estaba convencido que la sustitución del franquismo era solo una cuestión de tiempo. Por eso diseñará un ambicioso programa de política internacional, apoyado por las cerca de una veintena de delegaciones vascas repartidas por todo el mundo.

En París, en 1947 en la a sede de la Delegación vasca nacían los NEI, los Nuevos Equipos Internacionales, el embrión de lo que luego fue la Unión Europea de Democratacristianos. Partidos como el democratacristiano alemán, liderado por Konrad Adenauer, rápidamente se sumaron a esta iniciativa.

Otros muchoss líderes de Gobierno europeos pertenecieron a los NEI. El PNV participaba de pleno derecho en este organismo del que José Antonio Aguirre fue Presidente de Honor. El PNV ocupaba, además, una plaza en el Consejo Directivo de esta institución.

Mientras tanto en el interior del Estado español el EAJ/PNV consolidaba su estructura clandestina, reconstruyendo las organizaciones municipales, sustento histórico del nacionalismo vasco; se crea una organización militar "Euzko Naia" y se fortalecía el servicio de información. En 1945 Juan Ajuriaguerra, una vez fuera de la cárcel, se pondrá al frente de todo este entramado, "La Resistencia".

También se potencian las Juntas Extraterritoriales del PNV, formadas en casi todos aquellos países en las que existía una colonia vasca.